La Federación Argentina de Asociaciones de Endoscopía Digestiva se fundó en octubre de 1980 en una reunión los Dres. Jorge Ricardo Dávolos, Juan Carlos Baccaro, Salvador Aschkenazy, Alejandro Ramírez, Jaime E. Segal, Pedro E. Morgante, J. Landriel Márquez, Roberto Sánchez Ordoñez, Héctor M. Pérez, José Pligliacampo, Santiago Guasoni y Jorge Rainoldi se reunieron en la ciudad de Buenos Aires y resolvieron constituir una asociación civil, cultural y científica para los fines a los apuntaban sus actividades.

Los propósitos establecidos fueron: estimular el desarrollo y difusión de la endoscopía digestiva y de las técnicas vinculadas con la misma; sus aspectos docentes, científicos, éticos y profesionales; fomentar la investigación científica mediante becas y premios; patrocinar conferencias y cursos; intervenir en congresos nacionales e internacionales; y participar en actividades tendientes a difundir, esclarecer y aumentar el acervo científico de la endoscopía.

En 1996 se inauguró la videoteca y en la actualidad se continúa con la organización del Workshop Argentino de Endoscopía Digestiva que dese el 2000 se transmite a distancia a diferentes ciudades de todo el país.

Entre 1998 y 2001 se efectivizaron varios convenios de Concurrencia de Endoscopistas Argentinos a diferentes centros reconocidos internacionalmente: Convenio de Colaboración e Investigación con el servicio se Gastroenterología dirigido por el Dr. Eran Goldin del Hospital Universitario Hadassah y el Convenio de Intercambio SIED-AAED: Convenio recíproco con la Sociedad Italiana de Endoscopía Digestiva, por el cual becarios argentinos pudieron rotar en centros de ese país y becarios italianos hicieron lo propio con centros autorizados de Argentina.

En 2007 se modificaron las siglas de la institución de AAED (Asociación Argentina de Endoscopía Digestiva) por FAAED (Federación Argentina de Asociaciones de Endoscopía Digestiva) para lograr una cobertura más federal y representar e incluir a las filiales del interior del país.